合一的證的數(shù)目不同：
三證合一:是將工商營業(yè)執(zhí)照、稅務登記證、組織機構(gòu)代碼合為一證；
五證合一：是將稅務登記證、營業(yè)執(zhí)照、組織機構(gòu)代碼證、社會保險登記證和統(tǒng)計登記證合為一證。
2、執(zhí)行時間不同：
三證合一:的起始執(zhí)行時間是2015年10月1日起；
五證合一:的起始執(zhí)行時間是2016年10月1日起。
3、采用的模式不同：
三證合一:采用的模式有，三證（多證）合辦模式、一證三號（多號）模式；
五證合一：采用的模式是，一照一碼的模式。
三證合一實施方案：
1）兼容并蓄，降低成本。以當前基礎較好、應用廣泛的組織機構(gòu)代碼為基礎，最大限度滿足各部門管理需求，降低另建及改造成本，減輕社會負擔。
2）統(tǒng)一標準，分步實施。制定統(tǒng)一代碼制度建設相關(guān)標準，確定代碼位數(shù)和構(gòu)成。設立過渡期，實現(xiàn)現(xiàn)有各類機構(gòu)代碼逐步向統(tǒng)一代碼過渡。
3）立足當前，著眼長遠。以滿足需求、便利管理為導向，制定適合當前各部門兼容使用的編碼規(guī)則，為將來各部門之間信息共享和業(yè)務協(xié)同打好基礎。
五證合一辦理方式：
1）新的“五證合一”辦證模式，采取“一表申請、一窗受理、并聯(lián)審批、一份證照”的流程：首先，辦證人持工商網(wǎng)報系統(tǒng)申請審核通過后打印的《新設企業(yè)五證合一登記申請表》，攜帶其他紙質(zhì)資料，前往大廳多證合一窗口受理；
2）接著，窗口核對信息、資料無誤后，將信息導入工商準入系統(tǒng)，生成工商注冊號，并在“五證合一”打證平臺生成各部門號碼，補錄相關(guān)信息，同時，窗口專人將企業(yè)材料掃描，與《工商企業(yè)注冊登記聯(lián)辦流轉(zhuǎn)申請表》傳遞至質(zhì)監(jiān)、國稅、地稅、社保、統(tǒng)計五部門，由五部門分別完成后臺信息錄入；
3）最后打印出載有一個證號的營業(yè)執(zhí)照。辦證模式的創(chuàng)新，大幅度縮短了辦證時限，企業(yè)只需等待2個工作日即可辦理以往至少15個工作日才能夠辦結(jié)的所有證件，辦事效率得到提高。
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